1、抑制有害病原体
有机肥当中含有大量的对于农作物有益的微生物，这些优势有益微生物的大量繁殖能够有效的抑制有害微生物的繁殖。这样一来很多土源性农业病害就会被抑制甚至是被消灭，即为土壤消毒，还为农民省下了买农药的钱以及人工，同时还是无污染的治理手段，提高了农产品的品质。
2、利于吸收微量元素
土壤中虽然含有大量的微量元素，但是植物并不能直接吸收。有机肥当中含有适当的有机酸而且有机肥当中的微生物也会在生命活动中分泌有机酸，这些有机酸可以把土壤中的铜、锌 、硼、镁等微量元素通过生化反应，生成植物能够吸收利用的营养素，所以有机肥可以提高土壤自身的肥力。
3、肥效长
有机肥含有解磷菌、解钾菌以及固氮菌，能够长期稳定地为作物提供土壤不易释放的钾元素和磷元素，并能够把空气中的氮元素固定下来供给给作物。有机肥虽然在短期肥效上不如化肥，但是有机肥的肥效时间长。
4、建立有益菌群
有机肥能够促进土壤中的有益菌群的繁殖成长，有机肥含有大量的有机质，还含有有益菌群生长繁殖所需要的各种营养物质。这对于在土壤中建立优势有益菌群，抑制有害菌类的繁殖生长有着重要的意义。
5、提高化肥使用率
根据有关农业研究机构研究表明，化肥中百分之四十一以上的肥力都白白的流失了。流失的化肥一部分挥发到大气中；一部分随着水分流向地下或者其它的地方；还有一部分会被固化在土壤中，长时间不处理就会导致土壤盐碱和板结。有机肥在施用之后能够改善土壤的物理结构，同时能够释放固化的氮磷钾等营养素再通过耦合作用生成植物容易吸收的肥料，还可以在保水的同时留住水中的化肥。
6、促进作物的生长
有机肥当中的微生物会产生很多有利于植物生长的次级代谢物，例如、枯草龅牙杆菌。这些次级代谢物有很多，例如促生长类物质（生长素、脱落酸、赤霉素）。赤霉素能够促进作物多开花、多坐果、多成果、提高果实的品质、缩短上市时间等等。文章来源：网络
