调整土壤结构，改善土壤理化性质
有机肥能够有效改善土壤的物理性状，其原因主要是生物有机肥含大量有机质，有机质经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，提高了土壤保肥力和缓冲性，使土壤疏松，耕性变好。
施用生物有机肥能有效降低土壤容重，提高土壤孔隙度，增加土壤通气性，提高土壤脲酶、土壤转化酶的活性，有效促进土壤养分转化，增加土壤有效养分含量，提高土壤养分利用率。在蕉园施用生物有机肥后，土壤容重降低10．0％，土壤孔隙度提高10．06％，田间持水量增加23．79％。
施用有机肥，可在有机物分解过程中产生有机酸，降低土壤pH，在一定程度上调节土壤酸碱度，缓解盐渍土pH偏高的不良影响。需要注意的是，有机肥在改良盐渍土中可以使用，但并不是施用越多效果越明显，有最佳、最经济的施用量和配比方法。
增加土壤养分含量 减少淋溶损失
在有机质含量不同的土壤上长期施用有机肥，可以显著增加土壤养分全量和速效养分含量。随着施肥量的增加，土壤有机质、全氮、全磷均有不同程度的增加，速效养分(碱解氮、速效磷、速效钾)增加幅度更大。
有机肥对土壤氨挥发有阻抗作用，随着生物有机肥加入量的增加，土壤中氨挥发损失逐渐减少，增强了土壤的保肥性能。
有机肥对土壤中养分淋溶损失有阻抗作用，与化肥相比，生物有机肥可以减少氮、磷、钾的淋溶损失。
施用生物有机肥能够明显提高土壤有机质和速效氮、磷、钾的含量，生物有机肥中有益微生物能不断将土壤中的多种难以被根系吸收的无效养分分解成为易吸收的有效养分，可促进土壤养分转化，提高土壤有效养分含量，形成的水稳性团粒结构提高了土壤的保肥能力，减少淋溶损失。
优化土壤微生态 提高土壤微生物多样性
土壤微生物在养分转化与腐殖质形成过程中起着重要的作用，土壤微生物的多样性又影响土壤生态系统结构、功能及过程。
有机肥的施用能显著的提高真菌、细菌、放线菌的数量，同时还提高土壤微生物对碳源的利用率，尤其土壤中的羧酸、胺类和其他类碳源等。生物有机肥施入土壤，其中含有的微生物在土壤中的大量繁殖，不仅可以加快有机质的分解，释放出多种养分，改良土壤环境，还能促进植株对营养元素的吸收，增强树势，提高树体营养水平，是生产优质果品的物质基础。
生物有机肥的施用能提高土壤微生物多样性，增加土壤微生物利用碳源能力，有益微生物能将缓效养分转变成速效养分，从而提高土壤中养分的利用率，满足果树需肥要求，促进果树生长发育，提高果实产量。
