众所周知，化学肥料大都是由各种不同的盐类组成，所以当长期和大量的施用这些由盐类组成的化学肥料，进入土壤后，就会增加土壤溶液中盐的浓度而产生大小不同的渗透压，而细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而会将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致了作物受害，即通常所说的“烧苗”或盐害。
不同肥料在施用量相同时，它们导致的土壤溶液中渗透压的增加不同，对作物受害的程度也不同。硝酸钠施入土壤后增加的渗透压最强；其次是硝酸钾、硝酸铵、磷酸一铵；磷酸盐类化肥最差。作物本身耐盐的能力差异较大，所以施用同量的化学肥料，盐害的程度也有较大差异，耐盐害较强的作物有大麦、棉花、甜菜等；中度耐盐的作物有玉米、花生、马铃薯等；最不耐盐的作物有桃、苹果、柑橘、葡萄等。
尿素施入土壤中，先经水解变成碳酸铵[（NH4）▽2CO▽3]或碳酸氢铵（NH▽4HCO▽3），然后进一步分解NH▽3；碳酸氢铵施入土壤中会直接分解成NH▽3，NH▽3产生过多，特别是在石灰性pH值较高的土壤中，很容易伤害种子、幼苗或根系。
在我国北方石灰性土壤上曾经发生过大面积因尿素和碳酸氢铵产生NH▽3导致严重缺苗断条的现象。在天气炎热的情况下，用尿素和碳酸氢铵进行追肥，或在作物叶面有水珠时追肥均有可能灼伤作物叶片。所以碳酸氢铵在高温季节作物封行或雨后不宜作追肥。尿素中含有缩二脲，施入量过高，常会伤害作物，特别在叶面施肥或者施于种子附近时。作叶面肥时，尿素中缩二脲的含量最好在0.25%以下。缩二脲中毒表现为叶片发黄，水稻有时会出现稻苗白化现象。玉米叶片脉间失绿，生长矮小，叶片伸展不开等症状。缩二脲在土壤中可以被微生物分解，因此，只要在施用尿素时与作物种子有一定距离，一般不会产生伤害。此外，土壤pH高时，因土壤中硝化作用常被抑制，有可能出现NO△2-的积累，如浓度过高也可能对作物产生伤害。
改良土壤的具体方法
向土壤中施入微生物肥料。微生物的分泌物能溶解土壤中的磷酸盐，将磷素释放出来，同时，也将钾及微量元素阳离子释放出来，以键桥形式恢复团粒结构，消除土壤板结。
改善土壤，种植有机农作物。为土壤补充丰富的有机质以及养分。施肥不是给农作物施肥，而是给土壤施肥，很多人为了加快农作物生长，误认为多施肥有助于作物的生长。
补充土壤中的有机肥。土壤中有机物质补充不足，土壤有机质含量偏低、结构变差，影响微生物的活性，从而影响土壤团粒结构的形成，造成土壤的酸碱性过大或过小，导致土壤板结。土壤改良多用有机肥，肥力和土壤中有机质的含量有很大关系，而有机肥就可以为土壤补充丰富的有机质以及养分。
加强微生物菌群系统作用。土壤中有着庞大的有益微生物菌群系统，这些微生物肩负着分解土壤养分、抑制病原菌、提高肥料利用率等使命。益生菌的繁殖需要依托有机养分，因此补充益生菌时可以与有机肥混用施加，或者直接用益生菌含量丰富的菌剂产品如八佰力、库本系列产品。能够起到净土松土，旺根壮树、治病杀虫、抑菌排毒、提质增效的作用，还能改善深层土壤理化性状，提高土壤供肥能力和养分的有效利用，为菌群存繁提供全面营养和优良环境。
